V naprosté většině případů je kojení tím nejlepším pro matku i dítě. Existují však situace, kdy kojení představuje pro dítě zdravotní riziko:

galaktozémie – vrozená neschopnost trávit mléčný cukr (laktózu). Tento disacharid je složen z glukózy a galaktózy. Po rozštěpení vazby je galaktóza normálně štěpena na glukózu. Pokud tomu tak není, dochází k hromadění galaktózy, které vážně poškozuje játra, ledviny, mozek a oči (šedý zákal). Osoby s galaktozémií se musejí vyhýbat zdrojům laktózy a galaktózy, tedy především mléku (včetně mateřského) a mléčným výrobkům. Postiženým dětem se pak podává sojové mléko, které jinak není obecně kojencům doporučováno. Někdy se zaměňuje s intolerancí (nesnášenlivostí) laktózy a alergií na mléčné bílkoviny;
infekční onemocnění matky – např. neléčená plicní tuberkulóza;
užívání léků, které se vylučují do mateřského mléka, může dítěti způsobit zdravotní komplikace, vždy je nutné před započetím léčby zvážit přínosy a rizika;
užívání návykových látek – kokain, heroin, amfetaminy, konopí, tabák;
nadměrná expozice těžkým kovům – např. rtuť;
nadměrná konzumace kofeinu a alkoholu.

Kdy je kojení pro dítě škodlivé